Το Τμήμα έχει ως κύριο στόχο του τη κατάρτιση καλά εκπαιδευμένων πτυχιούχων Τεχνολόγων Τροφίμων που να είναι σε θέση να στελεχώσουν με επιτυχία τομείς της ελληνικής οικονομίας που ασχολούνται με τα τρόφιμα. Επίσης, να προάγει τη γνώση που αφορά την Επιστήμη και τη Τεχνολογία των Τροφίμων μέσω της επιστημονικής έρευνας που διεξάγεται από το προσωπικό του.
Από το 1987, το Τμήμα βρίσκεται σε συνεχή διαδικασία ακαδημαϊκής ανάπτυξης, με βάση τη σύνταξη πενταετών σχεδίων. Στα πλαίσια αυτών των σχεδίων ανάπτυξης, το Τμήμα, λαμβάνοντας σοβαρά υπ' όψη του τις τάσεις στην αγορά εργασίας των αποφοίτων του, όπως αυτές διαμορφώνονται σε βάθος χρόνου τουλάχιστον μιας πενταετίας, χαράσσει τους στόχους στην εκπαιδευτική διαδικασία (π.χ. εισαγωγή νέων μαθημάτων, δημιουργία νέων εργαστηρίων, επικαιροποίηση του προγράμματος σπουδών κλπ) που θα πρέπει να επιτευχθούν ώστε οι απόφοιτοι του Τμήματος να εφοδιαστούν με νέες επιστημονικές γνώσεις και δεξιότητες και να έχουν αυξημένες πιθανότητες εύρεσης εργασίας στην ειδικότητά τους. Παράλληλα, το Τμήμα μεριμνά για το συνεχή εκσυγχρονισμό του επιστημονικού εξοπλισμού του, ώστε αυτός να ανταποκρίνεται στο μέγιστο δυνατό στις εκάστοτε ανάγκες που προκύπτουν στις ερευνητικές δραστηριότητες του επιστημονικού προσωπικού του.