Οι απόφοιτοι του Τμήματος μπορούν να παρακολουθήσουν μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών συναφούς ειδικότητας τόσο στην Ελλάδα όσο και στο εξωτερικό για απόκτηση μεταπτυχιακού τίτλου ή διδακτορικού διπλώματος. Το Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών (Ι.Κ.Υ.) χορηγεί υποτροφίες στους Τεχνολόγους Τροφίμων για μεταπτυχιακές σπουδές.