Τα όργανα διοίκησης του Τμήματος είναι το Συμβούλιο, οι Τομείς μαθημάτων και η Γενική Συνέλευση.

Το Συμβούλιο του Τμήματος απαρτίζεται από τον Προϊστάμενο, τους Τομεάρχες, και τον εκλεγμένο εκπρόσωπο του Συλλόγου των Φοιτητών του Τμήματος.

Οι Τομείς μαθημάτων απαρτίζονται από τον Υπεύθυνο του κάθε Τομέα, τον αναπληρωτή του, τους εκπαιδευτικούς που ανήκουν στον κάθε Τομέα και τον εκλεγμένο στο κάθε Τομέα, εκπρόσωπο του Συλλόγου των Φοιτητών του Τμήματος.

Η Γενική Συνέλευση απαρτίζεται από όλα τα μέλη του εκπαιδευτικού προσωπικού του Τμήματος και από τους εκλεγμένους εκπροσώπους του Συλλόγου των Φοιτητών του Τμήματος

Το Τμήμα Τεχνολογίας Τροφίμων απαρτίζεται από τους παρακάτω Τομείς Μαθημάτων:

• Τομέας Μαθημάτων Γενικής και Ειδικής Υποδομής
• Τομέας Μαθημάτων Ειδικής Υποδομής
• Τομέας Μαθημάτων Ειδικότητας